給与計算を考える上でまず理解しなければいけない事は
給与の総額を従業員に支払うわけではないということです。

つまり、
会社の諸規定に基づいた基本給や、家族手当、住宅手当等と、
残業手当、休日出勤手当、深夜手当等を加え、
控除すべきものを控除し、
各社員への支給額(一般的に言う、手取額)を計算します。

そして、
給与を支払った場合には給与明細書を作成し、各社員に渡すとともに、
控除された額等を賃金台帳という記録簿に記録し、一定期間保存しなければなりません。
(保存期間は3年間と定められています)。

給与計算の流れは以下の様になります

①人事情報の整理
②出勤簿(タイムカード等)を締める
③勤務時間、出勤日数等を集計
④総支給額を計算
⑤諸控除額を計算
⑥差引支給額(手取額)を計算
⑦給与明細書を作成
⑧賃金台帳に記載
⑨振込額を準備
⑩従業員の指定の口座等に振り込む。